ده سال بعد از تلاش برای نجات نابو، کهکشان در آستانه جنگ داخلی قرار می‌گیرد. تحت رهبری کنت دوکو، هزاران سیستم خورشیدی تهدید به جدا شدن از جمهوری کهکشانی می‌کنند. آناکین اسکای‌واکر در حالی که استادش اوبی‌وان کنوبی مشغول تحقیقات درباره جدایی طلبهاست، بطور مخفیانه وارد ماجرایی عاشقانه با سناتور پادمه آمیدالا می‌شود. در این بین، تحقیقات اوبی‌وان کنوبی منجر به کشف ارتشی مخفیانه از کلون‌ها در سیاره‌ای دور افتاده دور از چشم سنای جمهوری و جدای‌ها می‌شود که از قضا برای جمهوری تربیت شده‌است...