دهه ۱۹۶۰، هلند. توماس هنوز نمی‌داند، اما او قدرت‌های ویژه‌ای دارد. این پسر ۹ ساله چیزهایی می‌بیند که دیگران قادر به دیدن آن نیستند. او در خانواده‌ای سختگیر و مذهبی زندگی می‌کند که در آن پدرش، که اغلب به کلام خدا استناد می‌کند، به خشونت متوسل می‌شود. با رشد حس بی‌عدالتی در وجود توماس و اشتیاقی که برای آزادی در او شکل می‌گیرد، او شروع به نوشتن «کتاب همه چیز» می‌کند. در این کتاب، توماس برای مجازات پدرش آرزو می‌کند و با مجموعه‌ای از شخصیت‌های عجیب و غریب روبرو می‌شود: عیسی مسیح، زنی معلق در هوا با گربه‌ای که عاشق پیانو است، ماهی‌های استوایی که در کانال‌های شهری شنا می‌کنند، یک جادوگر جوان یک‌پای ساکن خانه کناری و بسیاری دیگر.